kosciol-sw-klemensaTe kolumny u góry nie łączą się prostym brusem, ale arkadami. Na nich wspierają się środkowe ściany, w których u góry jest kilkanaście okien zaokrąglonych w wyższej części. Prawa boczna nawa jest węższą od lewej, gdy tymczasem w podziemnej pierwotnej bazylice obie nawy boczne są jednakowo szerokie. Być może dlatego, że prawa była przeznaczoną dla niewiast, lewa zaś szersza dla mężczyzn. Przedłużenia tych naw w zagłębieniu nazywały się, szersze sanatorium, bo zajmowali ją dygnitarze świeccy, wyższe matronae, zajmowały niewiasty znakomitsze. W przeciwnych zaś końcach naw stawali katechumeni znakomitsi. Po prawej stronie wielkich drzwi jest kaplica i. Dominika, obraz malował Pomarancio. Obok jest zakrystia. Dalej jest Ołtarz Pana Jezusa Ukrzyżowanego, do którego pobożni mają wielkie nabożeństwo. W głębi nawy jest pomnik kardynała Rorerella i Ołtarz Najśw. Sakramentu. w którym znajduje się statua ś. Jana Chrzciciela z XV wieku przez Szymona Donatello.

Po lewej stronie wielkich drzwi jest kaplica i. Katarzyny Ulex. lub Męki Pańskiej. Po ścianach freski malował Masaccio. Obrazy te ktoś później niezdarnym pędzlem odnawiał. Idąc w górę, są drzwi prowadzące na ulicę, dalej pomnik kard. Venere, zmarłego 1479 r. W głębi Ołtarz A. Maryi P. Różańcowej, obraz malował Conca. Na sklepieniu w nawie głównej niema sufitu, lecz belkowanie i dach, tutaj są malowania Chiarego. Pośrodku nawy wznosi się na dwa stopnie chór z marmuru przeniesiony z dolnej pierwotnej bazyliki, przeznaczonej’ dla niższego śpiewającego duchowieństwa. W chórze znajduje się ambonka, z której czytywano ewangelię, a po drugiej stronie pulpit do czytania Epistoły i dekretów papieskich, oraz świecznik w kształcie kolumny spiralnej, służący za lichtarz do Paschału. Chór jest otoczony balustradą marmurową, na której są różne ozdoby i monogram Jana VIII pap. (872-882). Po stopniach wchodzi się z chóru do prezbiterium, równie otoczonego balustradą przeźroczystą czyli ażurową.